El Cezire televizyonu tarafından WikiLeaks belgelerine dayanılarak hazırlanan "Kara Kutu" adlı araştırma dosyasına göre Maliki'nin ülkede gerçekleşen bazı suikastlerde parmağı var. Başbakanlığı döneminde İran ve İsrail'in gizli servisi Mossad'la irtibat halinde olan Maliki, ülkedeki bazı bilim adamları ve pilotlar hakkında bilgi istedi. Maliki, daha sonra bu kişilere nasıl ulaşılıp ortadan kaldırılacaklarını sordu. Yazışmalarda adı geçen 350 Iraklı bilim adamı ve 80 pilotun hemen hemen hepsi ülkenin değişik şehirlerinde suikastle öldürüldü. Öldürülenler arasında nükleer alanında çalışmalar yapan bilim adamlarının da bulunduğu kaydedildi. Irak'ta mezhep ayrımcılığını körüklemekle suçlanan Maliki, IŞİD'in güçlenmesine sebep olan politikalar yürütmekle itham ediliyordu.