Paralel devlet yapılanmasının 2009'da düzenlenen Tahşiye soruşturmasında kumpas kurduğu iddiasıyla Fetullah Gülen'in de aralarında bulunduğu 33 şüpheli hakkında hazırlanan iddianamenin ayrıntıları ortaya çıktı. Bir nuramalı şüpheli olarak gösterilen Gülen için, "Silahlı terör örgütü kurmak' suçundan 22.5 yıl; 'zincirleme nitelikli resmi belgede sahtecilik' suçundan 21 yıl, 32 kez 'nitelikli iftira' suçundan da 192 yıl olmak üzere toplam 235.5 yıla kadar hapis cezası istendi. İddianamenin giriş kısmında, soruşturmanın Fethullah Gülen'in talimatları doğrultusunda ona bağlı medya kuruluşları ile İstanbul Emniyet Müdürlüğü'nün değişik birimlerinde farklı rütbelerde görev yapan polislerce kasten delil uydurulduğu vurgulandı. Gülen'e bağlı örgütlü bir yapının varlığından söz edilen iddianamede, örgütün 40 yıllık süreçte kurulup geliştiği ve sonunda da devlet egemenliğini ele geçirmeyi amaçladığı öne sürüldü. İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilen iddianameden diğer detaylar şöyle...
? "Örgütün tüm eylem ve işlemlerin aynı dosya üzerinden soruşturulması, Ergenekon, Balyoz ve Askeri Casusluk yargılamalarında olduğu gibi karışıklığa yol açabilir" denildi.
? Samanyolu Yayın Grubu Başkanı Hidayet Karaca, "Gülen'in oluşturduğu silahlı terör örgütünün medya yapılanmasında yönetici" olarak gösterildi.
? Eski emniyet müdürleri Ali Fuat Yılmazer, Tufan Ergüder ve Mutlu Ekizoğlu'nun da aralarında bulunduğu 31 şüpheli hakkında 228 yıla kadar değişen hapis cezası talep edildi.
? "PDY/FETÖ terör örgütü, Fetullahçı terör örgütü gibi isimler, örgütü tanıtmaya yeterli. Ancak örgüt isminin Yargıtay denetiminden sonra kullanılması uygun olacaktır" ifadeleri kullanıldı. 
? "Örgüt ülkede; askeri, adli ve emniyet birimlerinde gizli, hücre tipi yapılanmaya gitmiştir. Verilen talimatların ustaca uygulandığı görülmüştür" denildi.
? "Örgütün dinlerarası diyalog girişimi adı altında şüpheli Fethullah Gülen'in Katoliklerin Papa'sı gibi tüm İslam dünyasında lider (bir nevi Halife) gibi konuma gelmesinin amaçlandığı anlaşılmıştır" ifadesi dikkat çekti.