Boğaziçi Üniversitesi Güney Kampüs sınırları içerisinde bulunan Rumelihisarı Şehitlik Dergâhı arazisinde yeniden inşa edilen Nafi Baba Tekkesi binası, Bizans Araştırmaları Merkezi yapılıyor. “Nafi Baba Tekke Koruma Projesi” olarak isimlendirilen ve tamamıyla Kalkınma Bakanlığı’nın bütçesiyle ihya edilen bina, oldubittiye getirilerek “Bizans’ı anma merkezi”ne dönüştürüldü. Tekke, İstanbul’daki ilk Türk şehitliği arazisine kurulmuştu. Üniversite eliyle oynanan “Bizans oyunu”na tepki gösteren Boğaziçi Yöneticiler Vakfı İbrahim Ethem Gören, binanın Şehitlik Dergâhı misyonuna uygun bir müzeye veya Fetih ve Tasavvuf Araştırmaları Merkezi’ne dönüştürülmesi gerektiğini söyledi. www.dunyabulteni.net internet sitesine değerlendirmede bulunan Gören şunları ifade etti:
BAŞKA YER Mİ YOKTU?
“Boğaziçi Üniversitesi’nde pek çok araştırma merkezi var. Okulun mekânları da çok. Hisar Kampüsü, Kuzey Kampus, Güney Kampus, Uçaksavar Kampüsü, Kandilli Kampüsü ve Kilyos Kampüsü’nde pek çok münhal alan oluşturulabilecekken Bizans Araştırmaları Merkezi, Nafi Baba’ya kurulmuş! Bizim itirazımız Bizans Araştırmaları Merkezi’ne değil: Merkez’e mekân olarak Nafi Baba Tekke binasının seçilmiş olmasına. Boğaziçi Üniversitesi “Tarih, Evrensel Kültür ve Arşiv Merkezi” tabelası asarak Şehitlik Dergâhı’nın ruhaniyetine uzak amaçlarda kullanmaya hazırlanıyor. Nafi Baba Tekke binasının en büyük salonu BÜ Bizans Araştırmaları Merkezi’ne tahsis edilirken binada Şehitlik Dergâhı’na, Nafi Baba Tekkesi’ne ait hiçbir işaretin bulunmaması dikkat çekiyor. Şehitlik Dergâhı’nın etrafı da çepeçevre ‘Muhabbet Sokağı’ barlarıyla kuşatılıyor. Osmanlı asırları boyunca Nafi Baba Tekkesi’nde zikir meclislerinin icra edildiği Tevhidhane adı verilen orta oda restorasyon sonrasında kokteyl salonu olarak düzenlenmiş. Mezkûr salon tekkenin amacının hilafına kokteyl salonu olarak kullanılacak. Bizans Merkezi’ne yurtdışından gelecek şerefli konuklara kokteyl salonunda acaba Osmanlı şerbeti mi ikram edilecek? 
BİLEREK SAKLANIYOR
Tekke binasında Boğaz’a nazır üç oda rektörlük çalışma ofisi olarak düzenlenirken İstanbul’u fetheden askerler için yahut Şehitlik Dergâhı’nda beş asır boyunca neş’et eden tasavvuf ilim ve irfanı için hiçbir merkez, ya da müze düşünülmemiş. Hiç olmazsa Nafi Baba Tekke binasının üst katı “Şehitlik Dergâhı Müzesi” olarak kullanılmalıdır. Böyle bir tasarrufun daha kalıcı ve mekânın ve zamanın ruhuna uygun olacağı kanaatindeyiz. Kamuoyu, Nafi Baba kabristanlığında ve bahusus Şeyhler Sofası’nda medfun bulunan ulama ve meşayihin kabirlerinin ihya edilmesini; Nafi Baba Tekke binasının Şehitlik Dergâhı misyonuna uygun bir müzeye ve Fetih ve Tasavvuf Araştırmaları Merkezi’ne dönüştürülmesini talep ediyor. Şehitlik Dergâhı’nın esamesi okunmuyor. Bugün de hâlâ Güney Kampüs’te mescid yok. BÜ öğrencileri, hocaları ve çalışanları okullarının hakiki varisi olduğu Şehitlik Dergâhı’ndan haberdar edilmiyor.”

BURADA FATİH’İN ASKERLERİ YATIYOR
Nafi Baba Tekkesi’nin çevresinde Rumelihisarı’nın inşası sırasında, Bizanslıların ani hücumlarında şehit düşen askerler medfun bulunuyor. Tekkenin içinde bulunduğu tepe, “Şehitlik Tepesi” diye biliniyor.