UEFA Kupası ve UEFA Avrupa Ligi adı altında gerçekleştirilen  organizasyonda daha önce 3 kez gruplarda mücadele eden sarı-lacivertli takım,  başarılı sonuçlar alarak bir üst tura çıkmayı başardı. 
Fenerbahçe, 2006-2007 sezonunda UEFA Kupası'nda tek maç üzerinden  oynanan karşılaşmalar sonunda, 5 takımın yer aldığı grubunu 3. sırada  tamamlayarak tur atladı. Newcastle United, Celta Vigo, Palermo ve Eintracht  Frankfurt ile aynı grupta yer alan "Sarı-kanaryalar", rakipleriyle yaptığı 4  maçta birer galibiyet ve beraberlikle 4 puan topladı. 2 karşılaşmayı yitiren  Fenerbahçe, H Grubu'nu 3. sırada bitirerek bir üst turda mücadele etme hakkı  kazandı. Sarı-lacivertli ekip, 2. turda AZ Alkmaar ile sahasında 3-3 berabere  kalıp, deplasmanda aldığı 2-2 eşitlikle elendi. 
 
2009-2010'da lider oldu  
Fenerbahçe, 2009-2010'da UEFA Avrupa Ligi adı altında oynanan  organizasyonda grup maçlarında daha başarılı performansa imza attı. 
Bir kez daha H Grubu'nda yer alan sarı-lacivertli takım; Twente,  Sherrif ve Steaua Bükreş ekiplerine karşı çift devreli lig sistemine göre olan  mücadelede üstünlük sağladı. Rakiplerini 6 maçta 5 kez mağlup eden Fenerbahçe,  sadece bir kez yenildiği grubu 15 puanla lider olarak tamamladı. Sarı-lacivertli  ekip, grup maçlarındaki başarıyı 2. turda tekrarlayamadı ve Lille ekibine elendi.  İlk maçta rakibiyle 1-1 berabere kalan Fenerbahçe, rövanş mücadelesinden 2-1  mağlup ayrıldı. 
 
2012-2013'te gruptaki başarısını ileriye taşıdı 
Sarı-lacivertli ekip, 2012-2013'te ise gruptaki başarısını ileriye  taşımayı bildi.  
C Grubu'nda Avrupa Ligi mücadelesi veren Fenerbahçe; Borussia  Mönchengladbach, Olympique Marsilya ve AEL Limassol takımları karşısında 4  galibiyet, birer beraberlik ve yenilgi sonunda 13 puanla zirvede yer aldı.  
Lider olarak 2. tura yükselen Fenerbahçe, bu turda BATE Borisov'u 1-0  ve 0-0'lık skorlarla eledikten sonra 3. turda Viktoria Plzen'e 1-1 ve 1-0'lık  galibiyetle üstünlük kurarak adını çeyrek finale yazdırdı. Çeyrek finalde  Lazio'yu ilk maçta 2-0 mağlup eden sarı-lacivertli ekip, rövanş maçından 1-1  berabere ayrılarak yarı finale yükseldi. Fenerbahçe'nin bu başarılı yolculuğu  yarı finalde son buldu. Benfica ile eşleşen sarı-lacivertli ekip, rakibini ilk  maçta 1-0 yenmesine rağmen ikinci maçı 3-1 yitirerek finale yükselmeyi  başaramadı. 
 
Gruplarda toplam 10 galibiyet aldı 
Fenerbahçe, 3 defa yer aldığı grup maçlarında 10 galibiyet, 2  beraberlik ve 4 yenilgi aldı.