Caminin mimarisindeki şifreler dikkat çekiyor. Mesela, 6 minaresinin 4'ü, doksan dokuzar metre uzunluğunda inşa edilmiş. Bu uzunluk Allah'ın 99 ismine, esmayıhüsnaya işaret ediyor. Minarelerde 16 şerefe, daha önce kurulan 16 Türk devletini temsil ediyor. Camideki 5 normal kubbe, İslam’ın 5 şartını gösteriyor. Camiye 5, şadırvanlı avluya 3 abidevi kapıyla giriliyor. Bunların toplamı 8 cennet kapısını simgeliyor. İki mekândaki toplam 33 kubbe tespih, tahmid, tekbirin ayrı ayrı otuz üçer defa tekrarını belirtiyor. Ana kubbe yüksekliği 54 m olup 54 farzı, ana kubbe çapı 32 m olup 32 farzı işaret ediyor. Ana kubbe pencereleri Resulullah Efendimizin peygamber olduğu yaşı ve bir günde kılınan 40 rekât namazı simgeliyor. Camideki 6 minare, imanın 6 erkânını işaret ediyor. Ana kubbe etrafındaki 4 yarım kubbe Edille-i şer’iyye, 4 büyük halifeye, 4 büyük kitaba, 4 mezhebe, 4 büyük meleğe, bir alt kattaki 12 yarım kubbe İslam'ın tasvip ettiği 12 tasavvuf yolunu ifade ediyor. Bir alt katta bulunan aynalı pencereler, her cephede ayrı ayrı 28 adettir. Hem bu pencereler hem de şadırvanlı avludaki 28 kubbe, Kur’ân-ı kerimde adı geçen 28 peygamberi işaret ediyor.