Şehidin naaşı ilk olarak Stat Mahallesi'ndeki ailesinin evine getirildi. Şehidin yakınları, burada Türk bayrağına sarılı tabuta sarılarak gözyaşı döktü. Helallik alınmasının ardından Akdoğan’ın naaşı, cenaze namazı kılınmak üzere yağmur yağışı nedeniyle Hükümet Konağı yanında bulunan kapalı pazar yerine getirildi. Cenazede büyük üzüntü yaşayan jandarmaların eşlik ettiği şehidin annesi Özlem Akgül, "Kuzum, senin yokluğuna nasıl dayanacağım" diyerek gözyaşı döktü. Şehidin babası Hüseyin Akdoğan da görevli jandarmaların arasında büyük üzüntü yaşadı. Burada kılınan namazın ardından şehit Burak Aydoğan’ın naaşı Akyol Mezarlığında bulunan şehitliğe götürüldü. Şehit Aydoğan’ın naaşı şehitlikte bulunan 2016 yılında İstanbul’da terör saldırısında şehit olan kuzeni Emre Horoz’un yanına defnedildi.
Cenaze törenine, şehidin ailesi, yakınları, Konya Valisi Cüneyit Orhan Toprak, AK Parti Genel Başkan Yardımcısı ve Konya Milletvekili Leyla Şahin Usta, askeri ve mülki erkan ile vatandaşlar katıldı.