Yargıtay 16. Ceza Dairesi, emekli Orgeneral İlker Başbuğ’un Yüce Divan’da yargılanması gerektiği yönündeki itirazını haklı bularak, bunu bozma nedeni saydı. 

"Hukuki ve fiili irtibat somut delillerle gösterilemedi"
Daire, Danıştay saldırısı davası ile Ergenekon Davası arasındaki hukuki ve fiili irtibatın somut delillerle gösterilememesini de bozma nedeni yaptı.

"Adil yargılanma ilkelerine aykırılık"
Yargıtay 16. Ceza Dairesi, yerel mahkemenin oluşumunda ve soruşturma, yargılama, delil toplama aşamalarında adil yargılanma ilkelerine aykırılık bulunduğu tespitini yaptı. ​

"Ergenekon terör örgütü' kabulünde isabet yok"
Daire, "Ergenekon terör örgütü"nün, kim tarafından ne zaman kurulduğunun, suçlarının, hiyerarşik yapısının ortaya konulmaması, liderinin belli olmaması gibi nedenlerle yerel mahkemenin "Ergenekon terör örgütü" kabulünde isabet bulunmadığına hükmetti.