Slovenya ve Hırvatistan'ın bağımsızlıklarını ilan etmesinin akabinde Bosna Hersek'te de bağımsızlık için referanduma gidilmesi kararlaştırılırken, ülke genelinde yapılan ve Sırpların büyük çoğunluğunun boykot ettiği referanduma halkın yüzde 63,6'sı katılmıştı. Referanduma katılanlarında yüzde 99,7'si bağımsızlık için "evet" oyu kullanmasıyla Bosna Hersek bağımsızlığını ilan etmiş ancak bağımsızlığın bedelini üç buçuk yıl süren kanlı bir savaşla ödemek zorunda kalmıştı.

Bosna Hersek'te referandum kararının alındığı günlerde, Hırvatistan ve Slovenya bağımsızlıklarını ilan ederek Yugoslavya'dan ayrılmıştı. Hırvatistan'da devam eden silahlı çatışmalar ise 1991 yılının eylül ayında, Yugoslavya ordusunun Ravno köyüne saldırmasıyla Bosna Hersek'e de sıçramıştı.

9 Ocak 1992'de Saraybosna yakınlarındaki Pale kasabasında bir araya gelen Bosnalı Sırplar, Bosna Sırp Cumhuriyeti'nin, 18 Kasım 1991'de Grude'de bir araya gelen Bosnalı Hırvatlar ise Hersek Bosna Hırvat Birliği'ni ilan etmişti.

25 Ocak 1992'de, Yugoslavya bünyesindeki Bosna Hersek Cumhuriyeti Meclisinde uzun süren tartışmaların ardından referanduma gidilmesi yönünde karar alınırken, Boşnak ve Hırvat vekiller referandum lehine oy kullanmış, Lahey'deki mahkemede yargılanmasına devam edilen Radovan Karadzic öncülüğündeki Sırplar ise referandum kararına karşı çıkmıştı.

Sırpların tüm tehdit ve engellemelerine rağmen yapılan referandumun sonucu 6 Mart 1992'de açıklanırken, bu sonuçlara göre, halk bağımsızlıktan yana oy kullanmış, Bosna Hersek, Yugoslavya'dan ayrılıp bağımsızlığını ilan etmişti. BM, 22 Mayıs 1992'de Bosna Hersek'i üyeliğe kabul emişti.

- Bosna Savaşı ve Dayton Anlaşması

Bağımsızlığın ardından Yugoslavya'nın silahlandırdığı Bosnalı Sırplar, ülkede etnik temizlik başlattı. Kurulan toplama kamplarında Boşnaklara yönelik işkenceler, katliamlar ve tecavüzler gerçekleştirildi.

Avrupa'nın orta yerinde ve uluslararası toplumun gözleri önünde üç buçuk yıl süren ve birçok katliamın yanı sıra Srebrenitsa'da soykırımın gerçekleştirildiği savaş, 1995 yılında Dayton Barış Antlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.

Savaş boyunca yüzbinlerce insan hayatını kaybetti, milyonlarcası evini terk etmek zorunda kaldı, on binlerce kadına tecavüz edildi. Savaş öncesinde nüfusunun büyük çoğunluğunu Müslüman Boşnakların oluşturduğu Srebrenitsa, Foça, Vişegrad, Zvornik gibi birçok şehirde yapılan katliamlar sonucunda neredeyse hiç Müslüman bırakılmadı.

- Dayton ile getirilen karmaşık siyasi yapı

İkinci Dünya Savaşı'nın ardından Avrupa'da en büyük katliamların, tecavüzlerin, soykırımın yaşandığı Bosna Savaşı, 1995 yılında ABD'nin Ohio eyaletindeki Dayton Hava Üssü'nde paraf edilen Dayton Barış Anlaşması ile sona erdi. Anlaşma, Amerikalı diplomat Richard Halbrooke'un girişimleriyle Boşnak lider Aliya İzzetbegoviç, Sırbistan Devlet Başkanı Slobodan Miloşeviç ve Hırvatistan Devlet Başkanı Franjo Tudjman tarafından paraf edildi.

Dayton, ülkede silahları susturmuş olsa da karmaşık bir siyasi sistemin temellerini attı. Anlaşmaya göre, üç buçuk yıl boyunca birbiriyle savaşan Boşnak, Sırp ve Hırvatlar ülkenin "kurucu unsurları" olarak belirlendi.

Ülkedeki "üç başlı" siyasi yapı, Bosna Hersek'i dünyanın en karmaşık idaresinin hüküm sürdüğü ülkelerden biri haline getirdi. Ülke, Bosna Sırp Cumhuriyeti (RS) ve Bosna Hersek Federasyonu (FBIH) olmak üzere iki entiteye ve özerk bir yapıya sahip Brçko bölgesine ayrıldı.

Anlaşmaya göre ayrıca, Bosna Hersek Federasyonu da kendi içinde 10 kantona bölündü. Devlet ve entiteler düzeyinde ayrı başbakanları, bakanları, başkanları olan Bosna Hersek'te, her kantonun da ayrı meclisi, bakanlar kurulu ve başbakanı bulunuyor. Dolayısıyla her ne kadar silahlı mücadele sona erse de Bosna Hersek halkı, Dayton'un getirdiği karmaşık yapının neden olduğu sorunlarla mücadele etmeye devam ediyor.

Öte yandan Bağımsızlık Günü Bosna Hersek Federasyonu'nda milli bayram olarak kutlanırken, ülkenin bir parçası olan Bosna Sırp Cumhuriyeti'nde ise yılın "herhangi bir iş günü" olarak kabul ediliyor.