Eminağaoğlu, Danıştay’a sunduğu dava dilekçesinde, söz konusu işlemin yargı ve diğer kamu kurumlarındaki işlerin uzamasına neden olduğunu ileri sürdü. Dilekçede, söz konusu genelgeyi çıkarma yetkisinin, 657 Sayılı Kanun’un 100. maddesi kapsamında Başbakanlıkta değil Bakanlar Kurulu’nda olduğu savunuldu. Dilekçede genelgenin, inanç özgürlüğünün ötesinde, laik hukuk sistemine çok açık aykırılıklar içerdiği ileri sürüldü. Eminağaoğlu, daha önce de, kadın hakimlerin başörtülü olarak görev yapabileceklerine imkân bulunmadığını ileri sürmüştü.