Fatih Sultan Mehmed döneminde ilk medrese eğitimi, fetihten hemen sonraki günlerde cami haline getirilen Ayasofya'da başlamıştır. Caminin yanındaki papaz odaları boşaltılarak öğrencilerin buralarda kalmaları sağlanmıştır. Molla Hüsrev'in başmüderrisliğe getirildiği bu ilk öğretim kurumunda, İstanbul'un ilk kadısı, Ayasofya'yı cami olarak "tescil eden" Hızır Çelebi'nin ilk müderrisler arasında bulunduğu görülmektedir. Bu sıralarda Molla Zeyrek de müderris olarak Zeyrek Camii'nde derslere başlamıştır. İşte İstanbul'da fetihten sonra öğretime başlayan ilk iki medrese bunlardır... Zeyrek'teki öğrenciler... Fatih Medreselerinin yapımı bitince, Zeyrek'teki öğrenciler oraya taşınmış, Ayasofya'da ise öğretim sürdürülmüştür. Vakfiyesinde de belirtildiği üzere, Medaris-i Semaniye (Sahn-ı Semân) adı ile Fatih Camii'nin etrafında yapılmış olan bu yeni kuruluş, (Sekiz medrese) ve her medresenin arkasında Tetimme adı verilen daha küçük sekiz medreseden oluşmaktadır. Ayrıca müderris ve öğrencilerin yararlanması için bir kitaplık, bir darüşşifa ve bir de misafirhane bulunmakta idi. Medreselerin her birinde "akli" ve "nakli" bilimlerde birer müderris, daruşşifada ise hangi milletten olursa olsun iki hekim, bir göz hekimi, bir cerrah ve bir de eczacı görevlendirilmişti. Hekimlerin hastaları günde iki kez ziyaret etmeleri şart koşulmuştur. "Enderun Okulu"... Fatih döneminde üzerinde durulması gereken önemli bir kuruluş da hızla geliştiği görülen bir yüksek okul niteliğindeki "Enderun Okulu"dur. Bu kuruluş içinde askerlik, yöneticilik, güzel sanatlar bölümleri olduğu gibi, ayrıca bir de hastane bulunmakta idi. Tanzimat dönemine kadar yaşadığı görülen "Enderun Okulu"nda Galatasaray, Eski Saray ve Edirne Sarayı gibi sarayların orta dereceli saray okullarını bitirenler kabul edilmekte idi...