Fatih Sultan Mehmed Han zamanında, Anadolu'da yetişen âlimlerden. Muhammed Efendi'nin babası, Mahmud Hüseynî'dir. Doğum tarihi bilinmemektedir. Hacı Bayram-ı Velî hazretlerinin yüksek talebelerinden olup çok zeki olduğu için hocası tarafından “Zeyrek” lakabı verildi. Daha çocuk iken Hacı Bayram-ı Velî'nin talebesi oldu. Tasavvuf ilminde de çok yükseldi. Allahü tealanın zatına ve sıfatlarına ait ince bilgileri elde etti. Molla Hızır Şah'a da talebelik yapıp çok ilim tahsil etti.
Önce Bursa'da, Sultan Murad Han Gazi Medresesi'nde müderrislik yaptı. İstanbul'un fethinden sonra Sultan Fatih'in yaptırmış olduğu Semaniyye medreselerinden birine tayin edildi. Bugün “Zeyrek” adı ile anılan semtte otururdu. Aldığı günlük ücretin yirmi akçesini kendi ihtiyaçlarına ayırır, geri kalanını hocası Hacı Bayram-ı Velî hazretlerinin tekkesindeki talebelerine gönderirdi. Medresede, talebelerine ders okuttuktan sonra kalan vakitlerini ibadetle ve Kur'an-ı Kerim okumakla geçirirdi. Fatih Sultan Mehmed Han'ın huzurunda, Molla Hüsrev'in hakemliği altında, Bursalı âlimlerden Hocazade ile bir hafta süren ilmî münazaradan sonra Bursa'ya gidip Muradiye'ye yerleşti. Ömrünün sonuna kadar Bursa'da kaldı. Günlerini ibadetle geçirdi. Sultan Fatih'in ısrarlı davetlerine rağmen İstanbul'a dönmedi ve teklif ettiği yüksek vazifeleri kabul etmedi. “Uzleti tercih eden kimse için izzet (şeref) vardır.” hadis-i şerifine uyarak, yalnız yaşamayı tercih etti. 912 (m. 1506) tarihinde Bursa'da vefat etti. Kabri, Pınarbaşı mevkisindeki dergâhın yanındadır.
İlim hakkında yazdığı bir risalesi vardır. Ayrıca bunun yanında, muteber ve kıymetli kitaplara yaptığı haşiyeleri çok güzeldir. Güzel şiirleri bulunan bu zatın bir gazeli, Güldeste-i riyaz-ı irfan adındaki eserde yazılıdır. El-İşarat ve'n-nezair kitabının sahibidir.
