Osmanlı Devleti'nde yetişen ulemanın büyüklerinden. Babası Düğmecibaşı Hüseyin Efendi'dir. Aslen İranlı olup sonradan babası ile birlikte İstanbul'a geldi. 998 (m. 1590) senesinde İstanbul'da vefat etti. Eyüp Sultan Türbesi civarında defnedildi.
Muhammed Bâkır Efendi, zamanın bir kısım âlimlerinden ilim öğrendikten sonra Ebüssü'udzade Mehmed Efendi'nin hizmetine girdi. Nice zaman onun ilminden istifade ettikten sonra Ebüssü'ud Efendi'nin hizmetinde de çalışıp o mübarek zattan mezun oldu. Bilahare Küçük Ayasofya Camii yanındaki zaviyede nefsini tezkiye ve kalbini tasfiye ile meşgul oldu. Daha sonra Düğmecizade'nin ilminden züht ve takvasından haberdar olan Veziriazam Sokullu Mehmed Paşa, onu çocuklarına hoca tayin etti. 979 (m. 1571)'de Lüleburgaz'daki Sokullu Mehmed Paşa Medresesi'ne, iki sene sonra İstanbul'daki Sokullu Medresesi'ne, bir sene sonra da İsmihan Sultan Medresesi'ne, bir sene sonra da Sahn-ı seman medreselerinden birine, 986 (m. 1578)'de de Şehzade Medresesi'ne, bir sene sonra da Üsküdar'da yeni inşa edilen Atik Valide Medresesi'ne müderris tayin edildi. 987 (m. 1579)'da Edirne kadılığına, iki sene sonra İstanbul kadılığına tayin edildi. 991 (m. 1583)'te bu vazifeden alınıp iki sene sonra tekrar İstanbul kadısı oldu. Düğmecizade Muhammed Bakır Efendi'nin müderrislik yaptığı Lüleburgaz'daki Sokullu Mehmed Paşa Medresesi. 996 (m. 1588)'de de Anadolu kazaskeri tayin edildi. Bir sene kazaskerlik yapıp emekliye ayrıldı. Bir sene sonra da vefat etti.
İlimde yüksekliği, amelde üstünlüğü, takvası ile meşhur olan Düğmecizade Muhammed Bâkır Efendi, Resulullah Efendimizin güzel ahlâkıyla ahlâklanmış, Selef-i salihîn'in yolundan hiç ayrılmamıştı. Züht ve takvası pek çok olup çok cömertti. Adaleti dillere destan oldu. Herkesin hakkına riayet eder, kimsenin haksızlığa uğramaması için gayret gösterirdi.
