Osmanlı devri âlimlerinden. İsmi Muhammed bin İbrahim bin Hasan Niksarî olup lakabı Muhyiddin'dir. Doğum tarihi bilinmemektedir. 901 (m. 1495) senesinde İstanbul'da vefat etti. Şeyh Vefa türbesi yanına defnedildi.
Muhyiddin Niksarî'nin bahçesinde medfun olduğu İstanbul'daki Şeyh Vefa Camii.
Muhyiddin Niksarî'nin Kastomunu'da ders verdiği İsfendiyaroğlu İsmail Bey Külliyesi (sağda) ve bu Külliyedeki medrese odaları (solda).
Muhyiddin Niksarî, küçük yaşta Kur'an-ı Kerim'i ezberledi. Önce Molla Hüsameddin-i Tokadî'den, sonra Fenarîzade Yusuf Balî ve Molla Yegan'dan dinî ve Arabî ilimleri öğrendi. Tecvid ve kıraatte üstad oldu. Fen ilimlerini Kadızade-i Rumî'nin talebesi, büyük âlim Molla Fethullah Şirvanî'den tahsil etti. İsfendiyaroğlu İsmail Bey, Kastamonu'da yaptırdığı medreseyi Molla Muhyiddin Niksarî'ye verdi ve üçyüz cilt kitap vakfetti. Muhyiddin Niksarî, bir süre burada ders okuttu ve talebe yetiştirdi.
Sultan İkinci Bayezid Han tahta geçtiğinde, Muhyiddin Niksarî'nin din ve fen ilimlerindeki üstünlüğünü duydu. Bunun üzerine onu İstanbul'a davet etti. Muhyiddin Niksarî, bu suretle İstanbul'da vaaz ve tedris (ders okutma) hayatına başladı. Cuma günleri tefsir dersleri verdi. Bazen Ayasofya Camii'nde, bazen de yeni yaptırılan Sultan Bayezid Camii'nde vaaz verdi ve tefsir de okuttu. Ayasofya'daki tefsir derslerinde Sultan İkinci Bayezid Han da hazır bulunurdu. Bu camide Kur'an-ı Kerim'in tefsirini tamamlayınca talebelerine ve cemaate dönüp şöyle buyurdu: “Allahü Teâlâdan Kur'an-ı Kerim'in tefsirini okutma işini tamamlamam için bana mühlet vermesini niyaz etmiştim. Allahü Teâlâya hamd-ü senalar olsun ki duam kabul oldu, dersimi tamamladım. Şimdi duam odur ki ömrüm iman ile son bulsun. Son nefesimde Kelime-i şehadeti söyleyerek ruhumu teslim edeyim. Sonra gönülden duada bulundu. Orada bulunanlar hep bir ağızdan âmin dediler. Muhyiddin Niksarî, evine varınca hastalandı. Çok geçmeden de vefat etti.
Muhyiddin Niksarî, güzel ahlâk sahibi ve kanaatkâr bir zattı. Ömrünü nefsi ile mücadelede geçirdi. Dindarlığı ve zahitliğiyle şöhret buldu. Birçok kitap yazan Muhyiddin Niksarî'nin eserlerinden bazıları şunlardır:
1- Ta'likat alâ Tefsiri Beydavî, 2- Tefsir-i Sure-i Duhan: Bu eserini Sultan İkinci Bayezid Han'a hediye etti. Bu eseriyle âlimler tarafından övüldü. 3- Haşiye-i Sadrüşşeria, 4- Haşiye-i izah fi'l-me'ani el-Müsemma bi işah, 5- Tefsir-i Surei İhlas, 6- Haşiye alâ şerh-i Akaid-i Nesefiyye, 7- Haşiye-i şerh-i vikaye, 8- Şerhu kasideti'l Emalî, 9- Çagminî Haşiyesi, 10- Şerhu Fevaidi Hassa.
