Osmanlı Devleti'nde yetişen âlimlerden. Şeyhülislam Ebüssü'ud Efendi'nin oğludur. 965 (m. 1557) senesinde doğdu. 1008 (m. 1599) senesi Safer ayında İstanbul'da vefat etti. Eyüp semtinde, muhterem pederi Ebüssü'ud Efendi'nin yanına defnedildi.
Defnedildiği yerin yakınındaki mektepte bulunan salih bir zatın, Mustafa bin Ebüssü'ud Efendi'nin defnedildiği gün, mezarından; “Biz Allah'ın kuluyuz ve (öldükten sonra da) yine ona döneceğiz, derler.” mealindeki Bakara suresi 156. ayeti kerimesini duyduğunu Hüsrevzade yazmıştır.
Mustafa Efendi, babası Ebüssü'ud Efendi'den ilim ve edep öğrendi. 982 (m. 1574) senesi Rebiulahir ayında Sahn-ı seman medreselerinden birine müderris olarak tayin edildi. 984 (m. 1576)'da bu medreseden ayrıldı ise de 986 (m. 1578)'de tekrar aynı vazifeye getirildi. Daha sonra Edirne Selimiye Medresesi'ne tayin edildi. Bu vazifeden ayrıldıktan sonra çeşitli yerlerde kadılık yaptı. 995 (m. 1587)'de Galata kadılığına tayin edildi. Çeşitli yerlerin kadılıklarında bulunan Mustafa Efendi, 1007 (m. 1598)'de Anadolu âlimlerinin reisi oldu. Aynı sene rahatsızlandı ve uzun süren hastalığı neticesinde vefat etti.
Mustafa Efendi aklî ve naklî ilimlerde mütehassıstı. Bütün ilimlerin inceliklerine vâkıftı. Özellikle fıkıh ve usul-i fıkhta çok derin bilgiye sahipti. Kadılığı sırasında, adalet ve doğruluktan asla ayrılmamıştı. Çok güzel hattı vardı. Haşiyetün ale'd-Dürer ve'l-gurer li Molla Hüsrev Mustafa Efendi'nin yazmış olduğu eserlerdendir.
Mustafa bin Ebüssü'ud Efendi'nin kabri. Babasının Eyüp'teki kabrinin yanındadır.
