Anadolu velîlerinden. Cizre'de doğdu. Doğum tarihi bilinmemektedir. 1255 (m. 1839) senesinde vefat etti. Türbesi Şırnak'ın Basret köyünün karşısındaki kabristandadır. İlim tahsiline Cizre'de başladı. Sonra Cizre üzerinden Şam'a giden Mevlana Halid-i Bağdadî Hazretleriyle tanıştı ve ona talebe olup sohbetinde kemale erdi. Zahirî ve bâtınî ilimleri öğrendi. İnsanları irşad için icazet aldı. Bu aynı zamanda Mevlana Halid-i Bağdadî'nin verdiği son hilafetname oldu. Memleketine zahir ve bâtın ilminde yetişmiş kıymetli bir âlim olarak döndü. Bir müddet Cizre'de insanlara dini öğretmekle, vaaz ve nasihatla meşgul oldu. Sonra Buhtan Dağı köylerinden Basret'e gitti. O sırada Buhtan aşiretlerinden iki aşiret arasında büyük kavga ortaya çıkmıştı. Bu kabileleri barıştırmaya gitti. Onları barıştırdı ve orada insanlara Allahü tealanın emir ve yasaklarını anlatıp onları irşad etti. Bu köyde bir cami ve tekke yaptırıp orada ikamet etti. Bulunduğu bölgede, Siirt'te ve Mardin havalisinde namı duyulup, pek çok insan sohbetine geldi. Devrin ve bölgenin meşhur âlimi Molla Halil Si'ridî de merkebine binip onun bulunduğu Basret köyüne kadar gider sohbetinde bulunurdu.
Şeyh Halid-i Cezerî hazretlerinin en büyük kerameti, şer'i şerife tam uyması idi. Pek çok insanın saadete kavuşmasına vesile olmuştur. Tasavvufta yetiştirdiği talebelerinden iki zata hilafet verdi. Bunlardan biri Şeyh Hamid Mardinî'dir. Mardin ve havalisinde irşad ile vazifelendirildi. Diğer halifesi ve damadı Şeyh Salih Sıbkî'dir. Mevlana Halid-i Bağdadî hazretleri hayatındaki son halifesi olan Şeyh Halid-i Cezerî hazretlerine: “Cizre halkı irşat olmadan Cizre'den ayrılma!” buyurur. Bu emir üzerinde Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri de Cizre ve havalisinde insanları mânen ve maddeten irşat etmeye başlar ve Mevlana hazretlerinin emirleri üzerine Cizre'den de ayrılmaz.
Ancak bir gün Cizre'nin kenarında akmakta olan Dicle nehrini geçmek için kullanılan gemide günlerce sahipsiz bulanan bir heybenin birisi tarafından alınıp götürüldüğünü duyan duyan Cizre halkı, kendisine ait olmayan heybeyi alan adamı dışlar ve adamı Cizre'den kovar. Onların, kendisine ait olmayan bir heybeyi alan adama karşı bu olumlu duruş ve hassasiyetleri gören Halid-i Cezerî hazretleri Cizrelilerin artık İslamî ahlâkla mücehhez ve insanî duygularla irşat oldukları için şükreder ve Cizre'nin dışına artık çıkabileceğini kanaat getirir. Başka yerlerde de yaşayanları irşat amacıyla Botan bölgesinin Kirhver (Demirboğaz) köyüne, daha sonra da Basret (Bugün Şırnak'a bağlı İnceler) köyüne yerleşir. Bu Mıntıkanın Nakşî Halidî merkezi olmasına öncülük eder. Botan'ın Dirşev ile Hacı Aliya Aşiretleri arasında Basret (İnceler) Köyü yıllar boyu çekişme ve fitneye sahne oluyordu. Hem bu çekişmeye son vermek ve hem de zahirî ve batinî ilimlere hizmet mekanı olsun diye iki aşiretin ileri gelenleri, ortak arazileri olan ve bir akarsuyun ikiye ayırdığı Basret Köyünün iki yakasını daha önce Botan'ın Siirt/Eruh ilçesinin Kirhver (Demirboğaz) Köyünde bulunan Şeyh Halid-i Cezerî Hazretlerinin emirlerine verince artık iki aşirete bir birlerine kavga edecek sebep ve ortam kalmayarak bundan sonrada aralarında herhangi bir çekişme vuku bulmuyor.
Seyyid Taha Hakkarî Hazretlerinin yanında, Bitlis'in Hizan Mıntıkasının Geyda Köyünden Seyyid Sıbğatullah-i Hizanî Arvasî (daha sonra Gavs-i Hizanî diye bilinecek) tarikata intisap etmiş seyr-i suluk ediyordu. Seyyid Taha Hazretleri, Seyyid Sıbgatullah-i Hizanî'yi yanına çağırarak; “Ben senin tasavvuf ve tarikat çalışmaları için istihare ettim. Bundan böyle amel edeceğin ve riyazet yapacağın dergah Basret Dergahıdır. Artık bu dergahın Basret Postnişini olan Şeyh Halid-i Cezerî ve Şeyh Hüseyin Basretî'nin Türbelerinin bulunduğu Basret mezarlığı ve aynı zamanda Mevlana Halid-i Bağdadî Hazretlerinin sağlındaki son halifesi olan Şeyh Halid-i Cezerî Hazretlerine git ve orada seyr-i sülukuna devam et!” buyurur. Bunun üzerine Seyyid Sıbgatullah-i Hizanî Hazretleri Basret Dergahı'na gelerek Basret'in Postnişini olan Şeyh Halid-i Cezerî Hazretlerin gözetiminde seyr-i sülukuna devam eder.
Daha sonra namı doğu bölgesinde çok işitilecek başka bir zat olan Mardinli Seyyid Hamid Hamidî Mardinî (sonradan Şah-i Mardinî diye bilinecek) de o arada Şeyh Halid-i Cezerî'nin gözetiminde seyr-i sulukunu sürdürüyordu. Şeyh Halid-i Cezerî, Basret'te seyr-ı sülukuna devam eden Seyyid Hamid Hamidî ile beraber Hakkari'nin Nehri Bölgesinden gelen Seyyid Sıbgatullah Hazretlerini süluka başlatmıştır. seyr-i süluk aşamasında olan bu iki zata da selefleri gibi rutin ruh terbiyelerinin bir kesitini oluşturan dergahın temizliğini de bazen yapmışlar, ellerindeki süpürgeleri almak isteyen bazı müridan ve hizmetkarlara vermeyerek nefislerini terbiye etmeye çalışmışlardır.
Şeyh Halid-i Cezerî Hazretleri, Seyyid Sıbgatullah Hazretlerinin Basret'teki tam dört yıl süren seyr-i süluku sonunda onu bir gün yanına çağırarak şöyle: “Artık seyr-ı sülukun bitti. Sen yine Şeyh Seyyid Taha'ya gideceksin. Senin amel ve seyr-i süluk yerin bizde idi. Ancak bu tarikat çalışmalarının sonucundaki halifeliğin ise Seyyid Taha'dan olacak. İstihare sonucunda emrolunduğum husus Seyyid Taha'dan halifelik almandır.” buyurdu. Seyyid Sıbgatullah hilafetini Seyyid Taha Hakkarî'den aldı.
Seyyid Zeynelabidin Haşimioğlu, babası Seyyid Beşir Efendi'den Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri hakkında bir hatırayı şöyle anlatır: Mevlana Halid-i Bağdadî hazretlerinin hayatındaki son halifesi olan Cizreli Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri Cizre'den Diyarbakır'a giderken bir seferinde, Mardin'in Gercüş ilçesinden geçerler, Gercüş'ün o zamanki ağası bizatihi kendisi ve bazı maiyetindeki ayanlarla Şeyh Halid-i Cezerî ve beraberindeki kafileyi Gercüş'ün girişinde karşılar ve önlerini keser, ısrarla bir gece kendilerinde konaklamalarını istirham eder. Ağanın bu samimi ısrarı üzerine de Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri hem bu ısrarlı davet sahibini kırmamak hem de biiznillah bir de burada kalacakları süre zarfında ola ki Mevla yolunda bir hizmette bulunulur niyetiyle de Gercüş ağasının bu davetini kabul eder. Bir gün sonra da Şeyh Halid-i Cezerî Hazretleri Gercüş'e en az bir gece kalarak verdiği sözü yerine getirmiş olarak gidecekleri Diyarbakır'a doğru yollarına devam eder.
Gün boyu yola devam eden kafile akşam üstü Gercüş'ün Hisar köyüne varır, bakarlar ki bizatihi Hısar ağası da bazı ayan adamlarıyla aynen Gercüş ağası gibi, köyün girişinde bazı maiyetleriyle yollarını keser ve Şeyh Halid-i Cezerî Hazretlerine bu gece yanlarında kalmalarını ısrar ile talep eder ve Şeyh Halid-i Cezerî Hazretleri de Hisar köyünün ağasının bu samimi davetlerini de kabul ederek bir gün de orada konaklar ve bir gün sonra da Şeyh Halid-i Cezerî Hazretleri tekrar Diyarbakır'a doğru yollarına devam eder. Akşam olunca da bu defa Kasrı diye bilinen köyden geçerlerken Köyün ağası konağının tepesinden köyün ortasından geçmekte olan Halid-i Cezerî hazretleri ve kafilesini görür. Ağa kendi konağının tepesinden kıpırdamayıp sadece bir hizmetçisini yollayarak yoldan geçmekte olan Şeyh Halid-i Cezerî hazretlerini ve beraberindeki kafileyi kendilerinde bu gece konaklamalarını ister. Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri nazikçe teşekkür eder yollarına devam etmek istediğini beyan eder.
Bunu işiten Kasrı köyünün ağası ta konağının tepesinden aşağıda yoldan geçmekte olan Şeyh Halid hazretlerine kabaca ve yüksek sesle: “Neyim eksiktir ki siz Gercüş ve Hisar ağalarının davetini kabul ettiniz de benim davetimi kabul etmiyorsunuz?” diye bir nevi serzenişte bulunmak ister. Bunun üzerine Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri de güzel bir üslup ile şöyle der: “Asla bir eksiğiniz yok, olsa olsa fazlalığınız olabilir, kibriniz onlarınkinden fazladır zira siz tenezzül ederek konağınızdan inip bizatihi kendiniz misafirleri davet edeceğinize, sadece (formalite icabı) bir hizmetçinizi yolladınız. Sizin davetinizde samimi olmadığınızı gördüğümüzden dolayı kusurumuza bakmayınız yolumuza devam edeceğiz.”
Şeyh Halid-i Cezerî hazretlerinin üç tane kızı olup, her bir kızını bir halifesine vermişti. Birini Diyarbakır'ın Bahçe denilen mıntıkasındaki halifesine, birini Şah-ı Mardin diye bilinen Şeyh Hamid Mardinî'nin oğluna, diğer kızını da halifesi Şeyh Salih-i Sıbkî hazretlerine vermişlerdi. Şeyh Halid-i Cezerî hazretleri, yüzüne bakan kimseyi hayrette bırakacak şekilde bir yakışıklılığa sahip olduğundan, şeyhi Mevlana Şeyh Halid-i Bağdadî hazretleri, yüzünü örtmesini emreder. Şeyhinin emirleri üzerine Şeyh Halid-i Cezerî sarığının üzerine yüzünü kapatacak şekilde taylasan adı verilen bir mendil ile örtmüştür. Taylasan ile yüz kapatma geleneği ilk kez Şeyh Halid-i Cezerî tarafından uygulanmış olup, bu gelenek hâlâ Anadolu'nun doğu ve güneydoğusunda bazı mutasavvıflar tarafından devam ettirilmektedir.