Anadolu velîlerinden. Doğum tarihi bilinmemektedir. 1276 (m. 1859) senesinde vefat etti. Türbesi Eruh'ta Ayne köyündedir. Babası Şeyh Muhammed, mürşid-i kâmil bir zattı. Memleketinde ilim tahsiline başlayıp ilm-i aletten Şerh-i Şemsiyye kitabına kadar okudu. İlim tahsili sırasında bir gün Şeyh Salih Sıbkî'yi ziyaret için Basret köyüne gitti. Şeyh Salih hazretleri onun mürşit olmaya istidatlı ve kabiliyetli bir kimse olduğunu görerek onu yetiştirip kendine vekil olarak insanların irşadı ile vazifelendirdi. Bu emir üzerine bir hafta Ayne, bir hafta da Basret köyünde kalmak suretiyle insanların irşadı ile meşgul oldu. Dünyaya hiç meyletmezdi. Üstün hâller sahibiydi.
Bir gün Şeyh Halid-i Cezerî Hazretleri Botan'ın Mışar mıntıkasında irşada çıkmıştır. Bir köyde misafir olurken oradakilere karşıda görünen köyün ve imamının ismini sorar. Köyün isminin Ayne ve imamının ismi Molla Muhammed Aynî olduğunu söylüyorlar. Bunun üzerine Şeyh Halid-i Cezerî talebelerinden birisine şöyle der: “Ayne Köyünün imamı Molla Muhammed Aynî'ye git ve ona; “Şeyh Halid-i Cezerî'nin sizlere selamları var, sizi buraya davet ediyor ve tarikatına intisap etmenizi istiyor.” de!” Şeyh Halid-i Cezerî'den bu emri alan talebe derhal yola koyularak Ayne Köyüne gider. Köye vardığında hemen köyün imamı Molla Muhammed Aynî'yi bulur. Mışar'ın bir köyünde irşat ve tebliğ için bulunan Şeyh Halid-i Cezerî'nin mesajını ona iletir. Molla Muhammed Aynî, Şeyh Halid-i Cezerî'nin elçisinin getirdiği bu mesaja tepki göstererek, “Yahu bir Cizre helvacısına teslim olmamız bize ayıp değil mi? Ne kadar Cizre helvacısı varsa “Biz şeyh olduk!” diyorlar. Git şeyhine bu dediklerimi aynen söyle!” diyerek gelen talebe ye tembihte bulunur. Talebe geri gelip Şeyh Halid-i Cezerî'nin huzuruna çıkınca kendince hocasının üzülmemesi için “Efendim emriniz üzerine Ayne Köyüne gittim ve Molla Muhammed Aynî'yi bularak selam ve mesajınızı kendilerine ulaştırdım. Onun da sizlere selamları var. Ancak meşguliyetlerinden dolayı gelemeyeceklerini beyan ettiler.” diyerek Molla Muhammed Aynî'nin alaycı sözlerini gizleyerek söylemez. Fakat ne tuhaftır ki Şeyh Halid-i Cezerî elçilik yapan talebe ye; “Söyle söyle çekinme Molla Muhammed Aynî bana iletmen için sana şöyle şöyle dedi değil mi?” diyerek teeddüben talebesinin gizlediği cümlelerinin tamamını söyler. Artık talebenin gizleyeceği bir sır kalmamıştır. Şeyh Halid-i Cezerî devam ederek iki kere; “Sübhanellah. Sübhanellah. Molla Muhammed Aynî bize gelip intisap ederek nehrin yakın kaynağından su içeceğine sonradan halifemize gidip intisap ederek nehrimizin kolundan su içecektir.” buyurdu. Orada bulunanlar Muhammed Aynî'nin, Şeyh Halid-i Cezerî hazretlerinin vefatından sonra halifesi ve damadı olan Şeyh Salih Sıbkî hazretlerine intisap ettiğine şahit olur. Muhammed Aynî hocasının vefatından sonra da onun yerine Basret dergâhına postnişin olur. Şeyh Halid-i Cezerî Hazretlerine direkt intisap etmekten imtina eden Şeyh Muhammed Aynî, Halid-i Cezerî'nin halifesine intisap ederek Şeyhin yıllar önce Allah'ın izniyle kerametle bilip orada bulunanlara bahsettiği hadise tahakkuk etmiş olur.
O devrin paşalarından Kenan Paşa, Şeyh Muhammed Aynî hazretlerini ziyaret maksadıyla Siirt'e oradan da Ayne köyüne gitmişti. Askerleriyle birlikte Ayne köyüne varınca, caminin avlusunda bir hasır üzerine oturdu. Paşa için yemek hazırlamak istediler. Şeyh hazretleri; “Bu hususta tekellüfe girmeyiniz, kendinizi zorlamayınız.” dedi. Evinde arpa unundan yapılmış iki yufka ve iki gün önce pişirilmiş et yemeği vardı. Bunları yedirmek bizim için ar olur dedilerse de, Şeyh hazretleri; “Bunlar yemek olarak kafidir. Mevcud olan bunlardır. Bunları ikram etmekte bir mahzur yoktur.” dedi. Sonra kendisi Kenan Paşa'nın yanına gitti. Paşa onu görünce ayağa kalkıp hürmetle elini öptü ve dua istedi. Sofrayı getirmelerini söyleyince, Paşanın önüne iki yufkayı ve et yemeğini koydular. Bunları yedi. Sonra kalkıp Şeyh Muhammed Aynî hazretlerinin elini tekrar öptü. Teşekkür ederek müsaade isteyip ayrıldı. Dönerken yolda adamlarından biri, Şeyh'in huzurunda ne yemeği yediğini sorunca; “Arpa ekmeği ve bayat et yemeği yedim. Yemin ederim ki ömrümde böyle lezzetli yemek yemedim.” dedi.
Şeyh Halid Zibarî onun halifesi ve damadıdır. Damadı olunca onu kendine vekil etmek istedi. Ancak o bunu kabul etmeyip medrese hocalığı yapmak istediğini bildirdi. Bu hususta uzun müddet ısrar etti. Kabul ettiremedi. Bir gün talebelerine; “Hazırlık yapınız. Yarın oradaki ve çevresindeki insanları irşad için Basret köyüne gideceğiz.” dedi. Âdeti üzere bir hafta Ayne köyünde bir hafta da Basret köyünde ikamet ederdi. İhtiyarlayıp gidip gelemeyecek hâle gelinceye kadar bu âdetine devam etti. Bu sebeple o havalinin irşad işini Halid Zibarî'ye vermek istiyordu.
Pek çok müridinin de bulunduğu bu yolculukları sırasında, namaz vaktinde namaz kılmak ve istirahat için bir akarsuyun başında durdular. Bu sırada şeyhlerinin ve Peygamber Efendimizin ruhaniyetinden yardım isteyerek talebesi Şeyh Halid Zibarî'nin kalp gözünün açılması ve halifelik teklifini kabul etmesi için dua etti. Şeyh Halid Zibarî bu sırada bir ağaç altında bir müddet uyumuştu. Uyandığında yüzünde bir nur parlıyordu. Hocası onun güzel bir rüya gördüğünü anlayıp ne gördüğünü sordu. O da; “Rüyamda Şeyh Halid-i Cezerî'yi gördüm. Bana hırka giydirdi kalp gözüm açıldı. Sizin emrinize uymamı, razı olmamı söyledi.” dedi. Sonra Basret köyüne gittiler. Orada kendi yerine Şeyh Halid Zibarî'yi halife tayin etti. İnsanlara İslamiyet'i anlatmakla vazifelendirdi. Bunun üzerine o da Basret köyüne yerleşti. İrşadı o havalide, Siirt ve Mardin çevresine kadar yayıldı.
Vefatı yaklaşınca, evlatlarına ve talebelerine yaptığı vasiyetinde Ayne köyünün batısındaki tepenin üzerine defnetmelerini söyledi. Kabri üzerine üstü açık, kubbesiz türbe yapmalarını ve kubbe yerine türbenin ortasına o bölgede meşhur olan bıtım ağacı dikmelerini söyledi. Vefatından sonra kabri üzerine yapılan türbenin üstünü de bir kubbe ile kapattılar. O gece köy halkı bir gürültü duydu. Sabahleyin yaptıkları kubbenin yıkıldığını gördüler. Tekrar ve daha sağlam bir şekilde yaptılar. Fakat gece şiddetli bir gürültü ile yine yıkıldı. Bunun üzerine vasiyetine uyarak kubbesiz bir türbe yaptılar, ortasına da bir bıtım ağacı diktiler. Bu ağaç büyüyüp türbenin üzerini kubbe gibi kapattı. Dalları türbenin duvarından taşmadan âdeta çadır gibi türbeyi kapatmaktadır.
