Anadolu'da yetişen evliyanın büyüklerinden. Şeyh Habib'in soyu, baba tarafından Hazreti Ömerü'l-Faruk'a ve anne tarafından Hazreti Ebu Bekr Sıddîk'a ulaşır. Doğum tarihi belli değildir. Niğde'nin Ortaköy kasabasında doğdu. İlk tahsiline burada başladı. Şerh-i Akaid kitabını okuduğu sıralarda, daha çok ilim tahsil etmek ve manevî feyizlere kavuşluk arzusu ile İran taraflarına gitti. Orada bulunan Seyyid Yahya Şirvanî'nin dergâhına yerleşti. Oniki seneye yakın onun hizmetinde bulunup yüksek marifetlere kavuştu.
Sonra hocasından izin alarak Anadolu'ya geri döndü. Bir süre Ankara'da kaldı ve Hacı Bayram-ı Velî hazretlerinin nurlu kabirlerini sık sık ziyaret ederek çok feyizlere kavuştu. Akşemseddin hazretlerinin sohbetlerine de devam etti. Kayseri'de Şeyh İbrahim ve evliyanın büyüklerinden Emir-i Kayserî ile sohbetlerde bulundu. Mekke-i Mükerreme'ye giderek Zeyniyye yolunun büyüklerinden Şeyh Abdülmu'ti ile dostluğunu ilerletti. Bu büyüklerin her birinden nice feyizlere kavuştu.
Şeyh Habib, takva ehli bir zat olup dört mezhebe de riayet ederdi. Üç defa hacca gitti. Seyahati çok severdi. Aydın, Sivas ve Anadolu'nun daha birçok şehrini gezdi. Bir ara İskilip'te oturdu ve orada Ebüssü'ud Efendi'nin babası Şeyh Muhyiddin-i İskilibî ile dostluk kurdu. Çeşitli ilimlerde derin ve ince bilgilere sahipti. Çok kerametleri görüldü. Hiç kimse, onun bir yere uzanarak veya dayanarak uyuduğunu görmemiştir. Yalnız hastalığının çok ağırlaştığı bir hâlde iken, bir yere dayandığı görüldü. 902 (m. 1496) senesinde Amasya'da vefat etti. Kabri, Mehmed Paşa Camiinin avlusunda, Mehmed Paşa ile oğlunun kabirleri arasındadır.
Şöyle anlatılır: Şeyh Habib, İran'da Seyyid Yahya'nın dergâhına gittiği zaman, kapının önünde talebelerinden bazısı ile karşılaşmış ve onlara; “Şeyhiniz beni bir günde Hak tealanın sevgisine kavuşturabilir mi?” diye sormuştu. Talebelerinin önde gelenlerinden Hacı Hamza, onun bu sualine çok kızıp; “Senin bunda şüphen mi var?” diyerek öyle bir vurdu ki Şeyh Habib'in aklı başından gitti, uzun süre kendine gelemedi. Bu durumu haber alan Seyyid Yahya hazretleri, hemen Şeyh Habib'i çağırtıp; “Dervişler gayretli olur. Sen onların kusuruna bakma ve sakın huzursuz da olma! Hem hüküm, senin itikat ettiğin, inandığın hâl üzeredir.” diyerek onu teselli etti, gönlünü alan güzel sözler söyledi. Ayrıca ona; “Şu pencerenin yanına gidip otur, orada gördüklerini gelip bize anlat!” diye de emretti.
Şeyh Habib de bu emre uyarak denileni yaptı. İşaret ettiği yere varır varmaz, hakikat âleminin bütün sırları kendisine açıldı. Melekler âleminin nice manzaraları, gözleri önüne serildi. O, bambaşka bir insan oluvermişti. Kalbinde dünya sevgisine dair bir şey kalmamış, yüksek marifetlere kavuşmuş, dergâha geldiğinde gönlünden geçenlere erişivermişti. Bir anda fenâ makamına yükseldi. Bu hadise ile hocasının büyüklüğünü anlayan Şeyh Habib, oniki yıl onun hizmetinde bulunarak, daha nice yüksek hâllere kavuştu.
Sultan İkinci Bayezid Han'ın şehzadesi Şehinşah Bey'in nişancısı şöyle anlatır: Şeyh Habib ile beraber akşam namazını kılıyorduk. Bir akrep, secde yerinden geçip safın bir tarafına gitti. Ne olduğunu bilemediğimden aklım karmakarışık oldu. Namazda huzurum kaçtı. Namazdan sonra yemek getirdiler. Fakat akrep sanki kafamın içini sokuyordu. Hep onu düşünüyordum. Bir türlü yemeği yiyemiyordum. Gönlümden geçirdiğim bu düşünceyi Allahü teala Şeyh Habib'in kalbine ilham edince bana; “O zavallı akrep bizim yanımıza geldi. Peygamber Efendimizin; “İki karayı (yılan ve akrebi) gördüğünüzde öldürünüz!” hadis-i şerifine uyarak, onu namazda iken öldürdük. Gönlünüzü meşgul etmesin!” dedi. (Namazda yılanı ve akrebi öldürmek namazı bozmaz.) Böylece zihnimdeki şüphe ortadan kalkmış oldu. Benim âdetlerimden olduğu için gönlümden geçirerek; “Eğer yemek helal ise Bismillah.” diyerek yemeye başladım. Bunun üzerine Şeyh Habib; “Helaldir, şüphen olmasın!” dedi.
Kaynaklarda Kitabü'n-nesayıh adlı bir eseri olduğu zikredilmekte ancak bir nüshasına rastlanmamıştır.
