Kanunî Sultan Süleyman zamanının âlimlerinden. Aslen Konyalıdır. On beşinci şeyhülislam Hamid Efendi'nin kardeşidir. Hamid Efendi'yi on altıncı şeyhülislam olarak kabul edenler de vardır. Bu kimseler, Molla Yegan'ı ikinci şeyhülislam kabul ederler. Bazıları ise Molla Yegan'ı şeyhülislam olarak kabul etmezler. Molla Fahreddin Acemî'yi ikinci şeyhülislam kabul ederler. Beyşehir'de doğdu. Doğum tarihi kaynaklarda bildirilmemektedir. 975 (m. 1568) senesi Ramazan ayında, İstanbul'da vefat etti. Babası Beyşehir kadısı iken Muhammed Efendi burada doğdu.
Muhammed bin Muhyiddin, halk arasında Turud Efendi diye meşhur olduysa da doğrusu Düruz Efendi'dir. Kendi yazısıyla böyle olduğu bildirilmektedir. Önce memleketinin âlimlerinden ilim tahsil etti. Daha sonra İstanbul'a geldi. Uzun müddet İslam âlimlerinin en büyüklerinden olan Kemal Paşazade'nin yanında tahsiline devam etti. Burada dinî ve zamanının fennî ilimlerini öğrendi. Mülazemet payesini kazanarak, bazı medreselerde vazife yaptı. 950 (m. 1543) senesinde Bursa'da Hançeriyye Medresesi yapılınca buraya müderris oldu. 955 (m. 1548)'de Emir Hasan Niksarî yerine Manastır Medresesi'ne tayin edildi. 956 (m. 1549)'da Sultan Süleyman Han'ın Rodos adasında yaptırdığı medresede müderris olarak vazifelendirildi.
Muhammed bin Muhyiddin Efendi'nin müderrislik yaptığı Şahzade Medresesi.
957 (m. 1550)'de buradan ayrıldı. Yerine Muallimzade tayin edildi. 958 (m. 1551)'de Fudayl Efendi yerine Sahn-ı seman medreselerine geldi. 960 (m. 1553) senesi sonunda, Hasan Efendi yerine Şehzade Medresesi'ne tayin edildi. 967 (m. 1559) senesi Cemaziyelevvel ayında, Hoca Kaynı Mehmed Efendi yerine Mekke-i Mükerreme kadısı oldu. Muhammed Efendi'yi çekemeyen bazı kimseler, bir takım asılsız sözlerle onu sultana şikayet ettiler. Muhammed Efendi henüz Mekke'ye varmadan, yolda vazifesinden alındı. Yerine Arapzade Abdülbakî Efendi tayin edildi. Vazifeden azledilmesine rağmen yolundan dönmeyen Muhammed Efendi, Mekke-i Mükerreme'ye vardı. Orada hac ibadetini yerine getirdi. Medine-i Münevvere'de Peygamber Efendimizin kabr-i şerifini ziyaret ederek İstanbul'a döndü ve emekli oldu. Bundan sonra kendini tamamen ilim ve ibadete verdi. Bu hâl üzere iken, bu fani dünyadan ahiret âlemine göç etti. Muhammed Efendi, ileri görüşlü, dürüst ve zeki bir kimseydi. Hoşsohbet bir zat olup salih idi. Çok ibadet ederdi. Vazifelerinde daima Cenab-ı Hakk'ın rızasını gözetirdi. Herkes tarafından sevilip sayılırdı.
