Müfessir ve Hanefî mezhebi fıkıh âlimi, yüksek hâller sahibi velî. Babası Celvetiyye yolunun büyüklerinden Amasyalı Fenaî Mustafa Efendi idi. Odabaşı Şeyhi diye tanınırdı. 1089 (M. 1678)'de Topkapı civarında doğmuştur. Ebcet hesabıyla “Şeyh Rahil” terkibinin ifade ettiği 1149 (m. 1736) senesinde İstanbul'da vefat edip vasiyeti üzerine Üsküdar'da Karacaahmed'e giden cadde üzerinde, annesinin yanına defnedildi. Küçük yaşta babasından ilim tahsiline başlayan Ya'kub Afvî Efendi, temel din bilgilerini ve alet (yardımcı) ilimlerini öğrendi. Zamanın âlimlerinden aklî ve naklî ilimleri tahsil etti. Üsküdar'da Çavuşderesi yakınlarındaki dergâhında insanlara doğru yolu anlatıp Allahü tealanın dinini öğretmekle meşgul olan Bilecikli Osman Efendi'nin hizmetine girdi. Aziz Mahmud Hüdayî hazretlerinin yolunda bulunan bu mübarek zattan ilim öğrenip feyiz aldı. Kalbini tasfiye ve nefsini tezkiye eyledi. Ahlâk ve hareketlerini Resulullah Efendimizin güzel ahlâk ve hâllerine uydurmaya gayret eyledi. Bu yolda bir hayli mesafe katetti. Tefsir ilminin ve Hanefî mezhebi fıkıh bilgilerinin inceliklerine vâkıf oldu. Hocası Osman Efendi'nin kızı ile evlendi. Üsküdar'da Cedid Valide Sultan ve Şehzade camilerinde insanlara nasihat ederek, Allahü tealanın emir ve yasaklarını anlattı. Ömrünün sonuna doğru bu vazifelerden ayrılıp hocası Osman Efendi'nin yerine insanlara Celvetî yolunu öğreterek, talebe yetiştirmekle meşgul oldu.
Eserleri: Vakitlerini ilim öğrenmek, öğrendiklerini neşretmek, ibadet edip öğrendikleri ile amel etmekle geçiren Ya'kub Afvî Efendi, yetiştirmiş olduğu kıymetli talebeleri yanında, pek değerli eserler de yazdı. Bunlardan bazıları şunlardır:
1- Mefatih: Mesabih adlı hadis-i şeriflerle ilgili kitabın Arapça şerhidir. 2- El-Vesiletü'l-uzma li Hazreti'n-Nebiyyi Nebiyyü'l-mücteba: Bu eserinde Resulullah Efendimizin hayatını ve salavat-ı şerifenin faziletlerini anlatmaktadır. 3- Neticetü't-tefasir: Bu eserinde Yusuf suresini Arapça olarak pek güzel tefsir etmektedir. 4- Len'ay-ı Nuraniye: Bu eserinde, Aziz Mahmud Hüdayî hazretlerinin; “Ezelden aşk ile biz yane geldik. Hakikat şem'ine pervane geldik.” beytiyle başlayan ilahisini şerh etmektedir. 5- İlhakat ale't-tecelliyat: Abdülganî Nablusî hazretlerinin Lemaatü'l-berkü'n-necdi şerh-i Tecelliyat-ı Mahmud Efendi adlı eserinin mukaddimesine ilavelerini ihtiva etmektedir.
Ya'kub Afvî'nin yazdığı Neticetü'ttefasir adlı Yusuf Suresi tefsirinin yazma nüshasının ilk iki sayfası (sağda) ve matbu ilk sayfası (solda). Yazma nüsha Köprülü kütüphanesi HAP Kısmı No: 19'da kayıtlıdır. Ya'kub Afvî'nin Üsküdar'da Karacaahmed'e giden cadde üzerinde bulunan kabir taşı.
6- Hulasatü'l-beyan fî Mezhebi'n-Nu'man: İmam-ı A'zam Nu'man bin Sabit hazretlerinin menkıbelerinden, ortaya koydukları belli başlı fıkhî meselelerden bahsetmektedir. 7- Kenzü'l-vaizin, 8- Hediyyetü'l-vaiz: Vaaz ve nasihatlarını ihtiva etmektedir. 9- Hediyyetü's-salikin: Bu eserinde Celvetiyye yolunun esaslarını anlatmaktadır. 1329'da İstanbul'da basılmıştır. Pek güzel şiirler de yazan Ya'kub Afvî Efendi'nin birçok ilahisi vardır. İlahilerinden birinin ilk beyti şöyledir:
“Nider aşık hayalatı, cemalindir münacatı, Nider ma'şuk münacatı tecelli eyle ya Allah!”