Osmanlı Devleti'nde yetişen âlimlerin büyüklerinden ve Şemseddin Fenarî'nin torunlarından. İsmi Ali bin Yusuf Balî bin Şemseddin Muhammed Fenarî'dir. Osmanlı Devleti'nin ilk şeyhülislamı Molla Fenarî'nin oğlu Molla Yusuf'un çocuğudur. “Alaeddin” lakabı ve dedesinin “Fenarî” nisbeti ile meşhur oldu. Bursa'da doğup büyüdü. Doğum tarihi bilinmemektedir. 903 (m. 1497) senesinin sonlarına doğru Bursa'da vefat ettiği rivayet edilmektedir. Dedesi Molla Fenarî'nin kabrinin yanına defnedildi.
Alaeddin Fenarî, ilimle meşgul olmaktan çok zevk duyardı. Gençliğinde İran'a gitti. Herat şehrindeki âlimlerden ders aldı. Sonra Semerkand ve Buhara'ya gidip oradaki âlimlerden de okudu. Her ilimde derinleşti. Hatta kendisini orada müderris yaptılar. Sonra memleketini çok özledi ve Fatih Sultan Mehmed Han'ın ilk zamanlarında tekrar Anadolu'ya geldi. Büyük âlim Molla Güranî, Padişah'a; “Senin saltanatın, ancak Molla Fenarî hazretlerinin evladından biri yanında bulunmakla tamam olur.” demişti. Alaeddin Ali Anadolu'ya ayak basınca durumunu Padişah'a bildirdi. Âlimleri çok seven Fatih Sultan Mehmed Han da onu Bursa'daki Manastır Medresesi'ne müderris olarak tayin etti. Sonra da Muradiye Medresesi'nde vazifelendirdi. Ardından Bursa kadısı, en sonra da kazasker yaptı. On yıl bu yüksek mevkide kalarak, ilmin ve âlimlerin şerefini korudu. Pek çok âlim, onun yüksek himmetiyle layık oldukları şerefli hizmetlerin zirvesine ulaştı. Bir süre sonra kazaskerlik vazifesinden ayrıldı ve emekli oldu.
Sultan İkinci Bayezid Han padişah olunca Rumeli kazaskerliğine getirildi. Sekiz yıl bu vazifede kaldı. Sonra bu vazifeden ayrılıp vatan-ı aslisi olan Bursa'ya döndü. Burada günlerini ders okutmak ve ibadet etmekle geçirdi. Cuma ve Salı günlerinin dışında her gün ders verir, son derece gayretle çalışırdı. Senenin üç mevsiminde, Keşiş Dağı (Ulu Dağ) eteğinde, halen Kadı Yaylası denilen yerde bir ev yaptırıp orada oturmayı âdet edinmişti. Derslerini de burada okuturdu. Ancak kışın şiddetli zamanında şehire inerdi. Öyle ki kar yağmaya başlar, fakat o bulunduğu yerden ayrılmazdı. Daima ilimle meşgul olurdu. Yatakta yatmazdı. Uyku bastırınca duvara dayanır, önünde kitap dururdu. Uyanınca kitaba bakardı. Bu kadar çok ilim sahibi olmasına rağmen, çok kitap yazamadı. Çünkü vakitlerinin çoğunu, kadılık ve ders ok1utmak hizmetlerinde geçi2rdi. Sadece nahivde Kafiye şerhi'ni ve bir de matematikte Tecnis'in bir kısmının şerhi olan bir risaleyi yazdı. Matematik ilminin her dalında mahirdi. Kelam, usul, fıkıh, belagat ilimlerinde pek derin bir âlimdi. Akıllı, edepli ve vakur idi.
Alaeddin Ali, tasavvuf ilmiyle uğraşmaktan da büyük haz duyardı. Aklî ve naklî ilimlerde yüksek derecelere eriştikten sonra tasavvufta mürşid-i kâmil derecesine yükselmiş olan Şeyh Hacı Halife'nin huzuruna gidip ona talebe oldu. Bu zat, Zeyniyye yolunun büyüklerindendi. Vefatına kadar onun yanından ayrılmadı ve böylece yüksek marifetlere kavuştu.
Vakitlerinin çoğunu talebelerine ders okutmakla ve ilmî mütalaalarla geçirirdi. Yüksek talebelerinden birisi ile Mutavvel kitabını okumaya başlamışlardı. Her satırında birçok meseleye temas edildiğinden, mütalaaları uzayıp gitti. Günde iki üç satırdan fazla okuyamıyorlardı. Okunan yerleri, kuşluk vaktinden ikindi namazına kadar izah ederdi. Bu minval üzere altı ayda, kitabın yarısına kadar gelebilmişlerdi. En sonund3a talebesine; “Molla! Bu kitabın okunma 4usulü budur.” dedi ve bundan sonra her gün ikişer yaprak okutarak, kitabın diğer bölümlerini kısa zamanda tamamladı. Bu talebe derdi ki: “Bedî'i (edebî) sanatlarına geldiğimizde, bu sanatların her birine Farsça beytlerden pek çok örnekler gösteriyordu. Ben de o sırada; “Ne çok Farisî beyt ezberlemişsiniz.” dedim. O da; “Acem (İran) talebelerinin adetleri şöyledir ki her gün ikindi namazından sonra toplanıp şiir üzerinde müzakere ederlerdi. Bunlar, o günlerde ezberlediğimiz şiirlerdir. İran'dan döndüğüm günlerde, ezberlediğim şiirleri kontrol etmiştim de onbin gazeli bulmuştu.” cevabını verdi.”
Birgün yanındakilere buyurdu ki: “Cenab-ı Hak'tan üç dileğim vardır: Evli-barklı olarak evimde ölmeyi, hastalığımın pek uzun sürmemesini ve imanla ruhumu teslim etmeyi istiyorum.” Talebelerinden bazı âlimler dediler ki: “O evde, ondan önce kimse ölmedi. Öğle namazını kıldıktan sonra hastalanıp ikindi ezanı okunurken ömrü tamam oldu. Böylece iki arzusu yerine geldi. Umulur ki üçüncü duası da kabul edilmiş ola!”
Yazmış olduğu şiirlerinde “Gammî” mahlasını kullanmıştır. Oğlu Muhammed Çelebi de ilim ve fazilet sahiplerinden olup 957 (m. 1550) senesinde vefat etti. Bunun lügat ilmine dair Lisanü'l-hikmet adında Arapça ve Farsça ile karışık olarak yazılmış bir lügati ve Mollazade'nin Hidaye şerhi kitabına yaptığı haşiyesi vardır.
