Zamanındaki bölücüler, Zeyd'in değişik memleketlere ilim için yaptığı seyahatleri bahane ederek Halife'yi aleyhine kışkırttılar. Onun ilim için dolaşmayıp, hilafete geçmek için çevresine adam topladığını söylediler. Halife de onun Medine dışına çıkışını yasakladı. Fakat Zeyd bir fırsatını bularak Kufe'ye gitti. Orada Ehl-i Beyt taraftarı gözüken bölücülerin kışkırtması ve Halife'nin yakalattıracağı endişesiyle savaş için hazırlanmaya başladı. Kendisine binlerce kişi biat etti. Başka şehirlerden de yardım vaat ettiler. Halife'nin askerleri Kufe'ye yaklaştıkları sırada taraftarları kendisine; “Ebu Bekr ve Ömer'e düşman ol.” dediler. O da; “Büyük dedem olan Resulullah'ın sevdiği iyi kimselere düşmanlık edemem.” dedi. Bunun üzerine dört yüz kişi hariç, diğerleri onu savaş alanında terk ettiler. Zeyd, bunlara; “Vekad rafadu nî.” dedi. “Beni terk ettiler.” manasına gelen bu kelimeden dolayı, hıyanet edenlere Rafızi denildi. Hazreti Zeyd'in yanında kalanlara ve sonradan onların yolunda olduklarını söyleyip sapıtanlara da Zeydi denildi. Burada yapılan savaşta Zeyd şehit edildi. Daha sonra oğlu Yahya, Horasan taraflarına gitmiş, fakat onun da sonu şehadetle neticelenmiştir.
Vaktini ilim öğrenmek ve yaymak, ibadet ve Kur'an-ı Kerim okumakla geçiren bu mübarek zat için, İmam-ı A'zam Ebu Hanife; “Zeyd bin Ali Zeynelabidin zamanında ondan daha büyük fıkıh âlimi, sorulara ondan daha seri cevap veren ve daha açık konuşan kimse görmedim.” buyurdu. Fıkıh ilminde ilk kitap yazan kişi olarak bilinen Zeyd bin Zeynelabidin, birçok âlime ilim öğretti. Bunlardan, oğulları Hüseyin ve İsa, kardeşinin oğlu Ca'fer-i Sadık, Zühri, el-A'meş, eş-Şu'be, İsmail es-Süddi gibi âlimler en meşhurlarıdır. Yazmış olduğu kitap, Mecmuu'l-kebir fi'l-fıkh adıyla bilinir. Ancak bugün elde bulunan nüshanın Zeyd'e ait olduğu şüphelidir.
