İstanbul fethedildikten sonra Akşemseddîn gözden kayboldu. Onu üç gün sonra Edirnekapı yakınlarında vîrâne bir yerde ibâdetle meşgûl olarak buldular. O zamandan beri bu yere, onun ismine izâfeten "Akşemseddîn" mahallesi denildi...
Fâtih Sultan Mehmed Han, fethin üçüncü günü Ayasofya''yı câmiye çevirdi. Ayasofya''nın câmiye çevrilmesi, Bizanslılar ile yapılan bir anlaşmaya bağlanmıştı. Burada ilk hutbeyi, Akşemseddîn hazretleri okudu. Okmeydanı''nda bir zafer alayı tertiplenmişti. Orada Akşemseddîn de vardı ve şu nasihatte bulundu:
"Ey gâzîler, âgâh olun!" -Ey gâzîler, bilin, âgâh olun ki; cümleniz hakkında, âhir zaman Peygamberi ol Server-i kâinât; ''Onlar ne güzel askerdir'' buyurmuştur. İnşâallah cümlemiz affedilmiş oluruz. Fakat gazâ malını isrâf etmeyip, İstanbul içinde hayr-ü-hasenâta sarf ve pâdişâhımıza itâat ve muhabbet ediniz!.."
Bu nasihatten sonra, Fâtih Sultan Mehmed Hanın başına iki çatal ablak sorguç takıp; -Pâdişâhım, bütün Âl-i Osman''ın âb-ı rûyu oldun. Hemen mücâhid-i fî sebîlillah ol! diyerek, Gülbank-i Muhammedî çekti. Akşemseddîn hazretlerine; "İstanbul''un fethedileceği zamânı nasıl bildin?" diye sorulunca, şöyle cevap verdi: "Kardeşim Hızır ile, ilm-i ledünniyye üzere İstanbul''un fetih vaktini çıkarmıştık. Kale fethedildiği gün, Hızır''ın, yanında evliyâdan bir cemâatle hisara girdiğini gördüm. Kale fetholunduktan sonra da, Hızır kardeşimi kalenin üzerine çıkmış oturur hâlde gördüm." Akşemseddîn Hazretleri fetihten sonra (Şimdi Bolu ilimize bağlı olan) Göynük''e yerleşti. 1459 yılına kadar orada yaşadı. Pâdişâhın kendisine gönderdiği bütün ihsan ve hediyeleri hayır işlerinde kullanmak üzere vakıflar kurdurdu. Bir taraftan da oğullarının terbiyesi ile meşgul oldu.
"Peki, göçeyim hatun!" Bir gün küçük oğlu Hamdi Çelebi ile meşgûl olurken; -Bu küçük oğlum yetim, zelîl kalır; yoksa bu zahmeti, mihneti çok dünyâdan göçerdim, deyince hanımı; -A efendi! Göçerim göçerim dersin yine göçmezsin" deyiverdi. Bunun üzerine mübarek hemen: -Peki, göçeyim hatun, deyip, mescide girdi. Evlâdını topladı. Vasiyetnâmesini yazdı ve hepsiyle helâlleşti. Yâsîn sûresi okunurken sünnet üzere yatıp rûhunu teslim eyledi. Göynük''teki târihî Süleymân Paşa Câmii''nin bahçesine defn edildi. Daha sonra oğullarının kabri ile berâber bir türbe içine alındı. Ruhu şâd olsun...

