Hocası Çivizâde, 1545 senesinde Rumeli Kadıaskeri olunca, Şâh Muhammed Çelebi''nin Sirâciyye Medresesine tâyin edilmesi için Kânûnî''ye arz edip, onun iyiliğinden bahsederken; "Bu hakîrin mülâzımı olmasından başka hiçbir ayıbı yoktur" dedi. Bunun üzerine pâdişâh, Çivizâde''ye iltifât edip; "Efendi! Yalnız sizin talebeniz olması ona şeref olarak yeter" dedi. Çivizâde bunun üzerine; "Saâdetli pâdişâhım, iki mülâzımım vardır. Biri Şâh Muhammed Çelebi, diğeri de Kınalızâde Ali Çelebi''dir. İki gözüm gibidirler. İkisinin birbirinden farkı yoktur" dedi.
"Burası Çelebi''nin yeridir"
Kânûnî Sultan Süleymân, Nahcıvân seferine çıkacağı zaman, Mihrimah Sultan Medresesine Bağdâdîzâde Hasan Çelebi''nin müderris tâyin olunacağı arz edilince, kabûl etmeyip; "Bu medrese, Şâh Muhammed Çelebi''nin yeridir. Başkasına verilirse kapatır veya dergâh hâline getiririz" dedi ve Şâh Muhammed Çelebi''ye iltifât etti. Şâh Muhammed Çelebi, bu medresede ilim öğretip Kur''ân-ı kerîmin hakîkatlerini anlatmaya çalıştı.
Hocasının işaret ettiği gibi Nakledilir ki: Bâzı dostlarına; "İnşâallah İstanbul Kadılığına kadar ulaşacağım" derdi. "Nereden biliyorsun?" diye sorduklarında; "Yirmi beş akçe ile Sirâciyye Medresesinde vazifeli iken, Kadıaskerliğe mürâcaat etmiştim. O gece rüyâmda, hocam Çivizâde''yi gördüm. Dedi ki: "Düşündüğünden vazgeç. Sen İstanbul kadısı olursun." Merhumun sözünde hilâf ve vaadinde durmaması olmazdı" dedi. Nitekim, hocasının buyurduğu gibi, 1568 senesinde İstanbul kâdılığına getirildi...

