Şehzâde Murâd tahta çıkmak üzere Manisa''dan İstanbul''a gelirken, Sâdeddîn Efendi de berâberinde idi. O zaman Sultan Murâd''ın özengi ağası olan Tiryâkî Gâzi Hasan Paşanın naklettiğine göre, şehzâde yolculuk sırasında yanında göremediği Hoca Efendiyi sordu. Yanındakiler onun bindiği atın ham olması dolayısıyla biraz geride kaldığını söylediler. Bunun üzerine Sultan Murâd derhal kendi yedek atlarından birini altın işlemeli eğer ve süslü takımlarla donatarak ona gönderdi ve yetişinceye kadar bekledi. Sâdeddîn Efendiye bundan sonra Hâce-i Sultânî (Sultan Hocası) ve Reîs-ül-ulemâ unvânları verildi. Devletin iç ve dış siyâsetine yardımcı oldu...
Avusturya seferine çıkıldı... Üçüncü Mehmed Han tahta çıktığı zaman (1595) kendi hocası olan Nevâlî Efendi vefât etmiş bulunuyordu. Böylece pâdişâh hocalığı makâmı yine Sâdeddîn Efendide kaldı. İki sultâna hocalık yaptığı için kendisine Câmiü''r-riyâseteyn denildi...
Bu sırada Osmanlı Devleti Avusturya ile harp hâlinde bulunuyordu. 1595 senesinde başlayan savaşlarda iki taraf da ağır kayıplar vermişti. Estergon, İbrail ve Kili kaleleri düşman eline düşmüştü. Bu sebeple Sultan Üçüncü Mehmed Han, hocası Sâdeddîn Efendinin tavsiyesi ile bizzât Avusturya seferine çıktı. Kânûnî Sultan Süleymân Hânın vefâtından 30 yıl geçtiği hâlde, hiçbir pâdişâh ordusuna bizzât başkomutanlık etmemişti.
21 Haziran 1596 târihinde yanında Hoca Sâdeddîn Efendi de olduğu hâlde, 100.000 kişilik bir ordu ile İstanbul''dan hareket eden Sultan Üçüncü Mehmed, Ösek kalesine ulaştı orada bir dîvân toplandı. Dîvânda bâzı vezirler, Tuna vâdisinden ilerleyip Viyana''yı muhâsara etme teklifinde bulundular. Hoca Sâdeddîn Efendi; "Bu doğru bir düşünce değildir. Viyana merhum Kânûnî zamânında da kuşatıldı. Fakat düşman Almanya içlerine çekilip gitti. Bizimle karşılaşmadı. Viyana''yı almak da mümkün olmadı. Bu yüzden ben, Viyana''yı değil, Tisa Nehrinden Eğri kalesine gidilmesini ve buranın zaptını teklif ederim. Eğri kalesi alınırsa Avusturya ile Romanya''nın yardım yolları elimize geçecek, birbirinden ayrılan ve yardım alamayan düşmanları, birer birer dize getirmek mümkün olacaktır" dedi.
Onun tavsiyesi ile... Hoca Sâdeddîn Efendinin görüşlerine çok güvenen Sultan, bu fikri derhal kabûl etti. Eğri
kalesi, 20 gün süren muhâsaradan sonra zabt edildi. Kale muhâfazasına Anadolu Beylerbeyi Lala Mehmed Paşayı bırakan Sultan, ordusuyla Haçova denilen yere geldi. Osmanlı Ordusu Haçova''ya geldiği zaman, burada Alman, Macar ve diğer devlet ve milletlerden toplanmış büyük bir ordu vardı. Hoca Sâdeddîn Efendinin Padişaha verdiği moral ve taktikle Haçova Savaşı büyük bir zaferle netîcelendi. On bin duka altın ile berâber, Alman toplarının büyük bir çoğunluğu ele geçti...

