Komuta kademesiyle birlikte “Gerekirse silah bile kullanırız” diyerek Necmettin Erbakan hükümetini istifaya zorlayan Karadayı, 15 yıl sonra hakim karşısına çıkarıldı. 2013 yılında gözaltına alındı. Ankara 5’nci Ağır Ceza Mahkemesinde beş buçuk sene boyunca yargılandı. 16 Nisan 2018’de dönemin kudretli paşaları Çevik Bir ve  Çetin Doğan’ın da aralarında bulunduğu isimlerle birlikte ağırlaştırılmış hapis cezasına çarptırıldı. Mahkeme anayasa ve kanuna aykırı olarak TSK içerisinde oluşturulan Batı Çalışma Grubu’nun Karadayı’nın talimatı üzerine kurulduğunu teyit etti. Ancak Karadayı, yaş haddinden dolayı hapis yatmadı. Mahkemede “Sincan’da tankların yürütülmesinden haberim yoktu. Bir gün sonra haberim oldu, arkadaşlarıma sorduğumda tankların tatbikata gitmek için buradan geçtiğini söylediler” diyen Karadayı, yardımcısı Çevik Bir’e de “Demokrasiye balans ayarı yaptık” sözünden dolayı “boşboğaz” diye kızmıştı.